波多野结衣AV高清一区二区三区|日韩精品久久久久网站|99re免费视频国产在线播放|国产手机在线αⅴ片无码观看|

  1. <nobr id="5kd4l"></nobr>

    <dl id="5kd4l"><sup id="5kd4l"></sup></dl>
    <option id="5kd4l"><sup id="5kd4l"></sup></option>
    <div id="5kd4l"></div>
  2. <nobr id="5kd4l"></nobr>

        <div id="5kd4l"><em id="5kd4l"></em></div>
      1. <nobr id="5kd4l"><td id="5kd4l"></td></nobr>
        <nobr id="5kd4l"></nobr>
        <tr id="5kd4l"></tr>
        1. 服務(wù)熱線(xiàn)02152235399
          當前位置:首頁(yè) > 空間多組學(xué)

          什么是空間轉錄組測序

          空間轉錄組學(xué)(Spatial Transcriptomics)是指在組織切片上完成,保留樣本空間信息的組學(xué)研究??臻g轉錄組可展示組織切片中不同區域的基因表達情況,揭示精細病理區域中激活的信號通路,完成分子特征驅動(dòng)病理特征的機制解析??臻g轉錄組學(xué)完成了病理數字化結合病理影像化的技術(shù)革新,對于診斷標志物、耐藥位點(diǎn)以及靶向藥物的研發(fā),免疫治療等新興領(lǐng)域都具有重要作用。

          什么是原位分析技術(shù)?

          烈冰生物亞細胞原位空間組學(xué)技術(shù)引進(jìn)10X genomics Xenium平臺,將新鮮冷凍(FF)和石蠟包埋(FFPE)組織中的數百種RNA進(jìn)行表達分析并精確到亞細胞(200納米)定位,相較 Visium 空間轉錄組擁有更高的檢測精度,將會(huì )對我們理解腫瘤微環(huán)境、免疫、神經(jīng)科學(xué)、細胞特異性、生物發(fā)育等方面產(chǎn)生深遠的影響,并進(jìn)入空間單細胞/亞細胞研究的新時(shí)代。

          設計原理 檢測通量 空間信息保留 實(shí)驗成本 代表性技術(shù)


          空間轉錄組

          Spatial barcode標記空間信息

          烈冰的空間轉錄組技術(shù)

          較低

          部分
          僅顯示切取部位在組織中的空間信息,無(wú)細胞內部空間結構

          LCM-seq

          顯微鏡下切取待檢測組織

          LCM-seq、Neo-seq

          需激光共聚焦顯微鏡,需經(jīng)驗豐富人員進(jìn)行顯微切割操作


          FISH-seq

          抗體識別,熒光標記

          MERFISH、Seq-FISH

          受熒光檢測通道限制

          針對基因設計探針,需激光共聚焦顯微鏡,需反復雜交和圖像讀取

          部分
          僅顯示切取部位在組織中的空間信息,無(wú)細胞內部空間結構

          流式分選

          選取特定細胞,需要特異性抗體對細胞進(jìn)行分選

          FACS, INTACT

          較低


          亞細胞|原位分析

          基于Padlock探針的多輪熒光檢測技術(shù)

          Xenium in situ

          目前可檢測多達400個(gè)RNA,未來(lái)可檢測1000+

          基因panel可定制、自動(dòng)完成熒光探針雜交、成像和解碼

          Xenium技術(shù)原理概覽

          Visium空間轉錄組學(xué)的原理

          當組織冷凍切片附在帶有spatial barcode的空間轉錄組芯片上時(shí),通過(guò)透化處理,細胞內的mRNA釋放出來(lái),從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開(kāi)始逆轉錄,得到的cDNA中包含了spatial barcode序列。通過(guò)上機測序,可以將每個(gè)mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。

          Visium空間轉錄組的核心在于芯片部分:
          • 正式文庫構建的芯片上有4個(gè)捕獲區域(6.5mm X 6.5mm,可以檢測4個(gè)樣本)
          • 每個(gè)捕獲區域含有約5000個(gè)被條形碼標記的點(diǎn)(barcoded spots)
          • 每個(gè)spot直徑55μm,每個(gè)spot能捕獲1-10個(gè)細胞
          • spot與spot中心點(diǎn)之間的距離為100μm
          • 每個(gè)spot含有上百萬(wàn)個(gè)可以與mRNA結合的捕獲探針,每個(gè)探針上都帶有獨特的spatial barcodes,用以標記捕獲的mRNA的空間位置


          Visium FFPE空間轉錄組學(xué)的原理

          在Visium FFPE組織中,樣本切片需先和預設的探針(probe)雜交,進(jìn)一步完成連接反應,再透化釋放連接probe與載玻片上的探針結合,從而捕獲基因表達信息。
          • Visium FFPE解決方案針對每一個(gè)基因(1.8萬(wàn)個(gè)人類(lèi)基因以及2萬(wàn)個(gè)小鼠基因),都預先設計了一對probe以靶定RNA的特定序列
          • LHS(左端探針)帶有read2序列,用以后續PCR擴增;RHS(右端探針)帶有polyA序列,用以后續被玻片探針捕獲結合
          • 通過(guò)probe與組織內RNA雜交,將RNA信息轉移到probe上,再將探針兩端連接形成完整的DNA鏈。之后降解雜合RNA鏈,透化釋放連接probe

          技術(shù)難點(diǎn)和烈冰解決方案

          無(wú)冷凍切片條件可以進(jìn)行空間轉錄組測序嗎?

          01

          烈冰提供空間轉錄組全流程服務(wù),包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續的FISH驗證等各個(gè)步驟,為您提供無(wú)憂(yōu)服務(wù)。

          冷凍切片質(zhì)量可否保證?

          02

          烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動(dòng)掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數字掃描儀為基礎的先進(jìn)實(shí)驗平臺,并制定嚴格規范的實(shí)驗室SOP,經(jīng)過(guò)大量的切片、貼片實(shí)操演練,對不同類(lèi)型組織的切片厚度、溫度進(jìn)行優(yōu)化,確保獲得最優(yōu)質(zhì)量的冷凍切片。

          空間轉錄組測序數據量大,分析困難怎么辦?

          03

          利用NovelBrain云分析平臺,搭建0代碼需求的空間轉錄組分析流程,準確快速解析空間轉錄組數據。 

          空間區域內細胞類(lèi)型如何判定?

          04

          取同一樣本組織的相鄰區域進(jìn)行單細胞轉錄組測序,通過(guò)單細胞轉錄組數據和空間轉錄組數據的整合分析,判定空間區域內的細胞類(lèi)別,精確解析組織空間內的異質(zhì)化信息。

          Xenium分析儀每次運行可分析多少個(gè)樣本?

          05

          每次運行時(shí)可分析兩張Xenium載玻片。每張Xenium載玻片上的可成像區域為10.45× 22.45 mm,其上可放置組織切片,因此每張載玻片上可包含多張組織切片。 06 原位空間組學(xué)可以解決的科學(xué)問(wèn)題?

          原位空間組學(xué)可以解決的科學(xué)問(wèn)題?

          06

          亞細胞分辨率可以鑒定細胞間相互作用,挖掘病理狀態(tài),了解疾病背后的生物學(xué)機制;Xenium原位分析數據與單細胞數據進(jìn)行直接比較,實(shí)現對腫瘤微環(huán)境中細胞類(lèi)型的解析、不同基因表達的分析;

          空間多組學(xué)的應用領(lǐng)域

          病理學(xué)

          通過(guò)添加基因表達維度,得出形態(tài)學(xué)結論;

          通過(guò)觀(guān)察基因表達區域,了解可能發(fā)生假陰性/假陽(yáng)性的位置

          腫瘤學(xué)

          腫瘤微環(huán)境及腫瘤異質(zhì)性,研究空間位置上腫瘤組織與癌旁、正常組織基因表達的區別;

          腫瘤發(fā)生發(fā)展、浸潤、轉移等不同階段腫瘤細胞的變化對正常細胞的影響

          免疫學(xué)

          免疫細胞浸潤、不同區域的免疫細胞中的基因表達特征;

          免疫群體擴散、不同類(lèi)型免疫細胞的空間位置解析

          神經(jīng)科學(xué)

          大腦皮層層狀組織解析,揭示大腦皮層的結構-功能關(guān)系;

          正常vs.疾病大腦結構特征分析與疾病相關(guān)的基因表達于特定的大腦皮層

          發(fā)育生物學(xué)

          通過(guò)解析每個(gè)發(fā)育階段不同解剖區域特有的基因表達特征,解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因;

          豐富基因表達的空間注釋信息,創(chuàng )建組織發(fā)育的空間細胞圖譜

          空間多組學(xué)優(yōu)勢

          01      

          提供實(shí)驗操作更精細的冷凍解決方案

          - 烈冰配置了LEICA?CM1950冷凍切片機,搭配切片經(jīng)驗豐富的實(shí)驗團隊,可以提供一致性更高、實(shí)驗操作更精細的冷凍切片準備方案

          - 保持密切高效的溝通,設計更適合的實(shí)驗方案,確保每一個(gè)實(shí)驗細節有效進(jìn)行



          02      

          高清明場(chǎng)和熒光場(chǎng)拍攝成像解決方案

          - 烈冰升級配置尼康相差顯微鏡和CCD成像系統,更高清分辨率解析組織切片原始圖像信息

          - 10X,20X,40X,60X更多物鏡選擇,為不同大小的樣本提供更清晰的圖像

          - 更精細的圖像信息采集、拼接策略,為樣本內微小區域的組織學(xué)提供更清晰的影像


          03      

          烈冰CytoNavigator云分析平臺

          - 原拖拽式頁(yè)面全新升級,真正實(shí)現分析0代碼,?信不求?,助力用戶(hù)挖掘數據背后的生物學(xué)意義

          - 解決空間轉錄組測序數據分析中由于超大數據量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難

          - 做到快速可定制化完成空間轉錄組分析


          04      

          提供免疫組化(Immunohistochemistry)和熒光原位雜交(FISH)服務(wù)

          - 擁有行業(yè)先進(jìn)的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數字切片掃描儀,可以同時(shí)實(shí)現明場(chǎng)與熒光場(chǎng)下冷凍切片的快速掃描成像;

          - Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式,進(jìn)一步提升分辨率和清晰度,保證切片高分辨的數字圖像信息精準采集;

          - 能夠滿(mǎn)足針對分析結果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像,獲取表達與定位信息。

          05      

          定制化一站式服務(wù)

          - 烈冰生物真正實(shí)現空間轉錄組測序的全程把控,做到從實(shí)驗設計、空間信息標記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務(wù),助力高分文章發(fā)表

          - 資深的實(shí)驗團隊保證樣本的高度一致性;專(zhuān)業(yè)的生物學(xué)團隊提供個(gè)性化的產(chǎn)品應用場(chǎng)景解讀、保持對生物學(xué)意義的關(guān)注;強大的生信分析團隊一對一地進(jìn)行詳實(shí)科學(xué)的實(shí)驗方案設計并提供多次售后分析



          實(shí)驗流程

          樣本要求

          空間轉錄組送樣

          可接受樣品類(lèi)別

          • 冰凍組織:新鮮樣本經(jīng)液氮預冷的異戊烷速凍,-80℃保存
          • OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進(jìn)行OCT包埋,或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標明樣本方向,樣本于-80℃保存

          樣本處理和運輸過(guò)程需要在低溫環(huán)境

          Xenium送樣:

          • 新鮮冷凍(FF)樣本:新鮮組織OCT包埋后-80℃速凍,可連同包埋模具一同保存運輸,在包埋模具上好做方向標記,用于確定切片方向;
          • 石蠟包埋(FFPE)樣本:包埋好的石蠟塊或石蠟切片3-5張,4℃保存,干燥運輸

          其它注意事項:

          1.可聯(lián)系烈冰提供Xenium專(zhuān)用玻片,由老師自行貼片,樣本處理和運輸過(guò)程需要在低溫環(huán)境
          2.多樣本拼片,需保證同一玻片選擇的Panel相同
          3.組織大小要長(cháng)寬小于10.45mm*22.45mm(實(shí)際捕獲區域大?。?br> 4.切片質(zhì)檢:HE染色質(zhì)控判斷組織形態(tài)、空間信息保留是否完好,DV200 > 30%(DV200 為檢測樣品中大于 200nt 的 RNA 百分比)
          5.目前商業(yè)化panel僅支持人和小鼠物種(可定制增加100 genes),具有注釋良好的轉錄組的其它物種需要提前定制設計(具體細節請在送樣前與我司進(jìn)行提前溝通)

          結果展示

          點(diǎn)陣亞群分析

          基于每個(gè)點(diǎn)陣的基因表達量,采用聚類(lèi)算法對細胞進(jìn)行亞群分析,同時(shí)采用t-SNE分析對各點(diǎn)陣的空間排布進(jìn)行可視化展示

          解剖區域細分

          以每個(gè)點(diǎn)陣中的表達量數據為研究對象,根據指定的解剖區域(臨近切片或者當前切片)進(jìn)行結果展示,包括基因區域的集中展示

          點(diǎn)陣簇Marker基因分析

          可視化展示不同點(diǎn)陣亞群中Marker基因的表達分布:Aldoc星狀膠質(zhì);GAdl抑制性神經(jīng)元;Mbp少突膠質(zhì)細胞;Slc17a6興奮性神經(jīng)元

          信號通路富集分析

          采用個(gè)性化分析策略,在研究者關(guān)注的點(diǎn)陣、區域、樣本中分析研究者關(guān)注的基因集

          細胞通訊分析

          采用Cellphone算法,針對不同點(diǎn)陣亞群cluster之間或內部的Ligand-Receptor關(guān)系進(jìn)行分析,展示了微環(huán)境中跨細胞類(lèi)型的通訊關(guān)系,幫助解析微環(huán)境的形成機制和調控機理

          文獻案例

          整合空間和單核轉錄組數據闡明了具有抑郁樣行為的雌性食蟹猴的小膠質(zhì)細胞特異性反應

          發(fā)表時(shí)間:2023 年 7 月

          發(fā)表期刊:Nature Neuroscience

          影響因子:25

          發(fā)表單位:重慶醫科大學(xué)附屬第一醫院


          研究背景:根據世界衛生組織(WHO)的數據,自2017年以來(lái),重度抑郁癥(MDD)已成為世界上最主要的殘疾原因之一,其潛在的細胞和分子機制已有研究者對于男性的MDD基于單細胞分辨率進(jìn)行初步探索(Corina Nagy, Nat Neurosci, 2020)。


          研究方法:單細胞核測序、空間轉錄組(Visium ST)測序


          研究結果:

          基于單細胞測序、空間轉錄組測序等多種技術(shù)手段,揭示了細胞類(lèi)型和皮層特 異性基因表達的變化特征。共鑒定出 8個(gè)細胞大類(lèi),240 個(gè)不重復的差異表達基因,這些基因主要富集在膠質(zhì)細胞;研究者同時(shí)采用共表達網(wǎng)絡(luò )分析鎖定了小膠質(zhì)細胞是低等級抑郁猴中改變的關(guān)鍵細胞群;亞型分析發(fā)現了抑郁猴富集的小膠質(zhì)亞型,將其命名為“抑郁相關(guān)小膠質(zhì)細胞(PIMID);進(jìn)一步采用 WGCNA 分析空間組學(xué)數據,揭示了抑郁行為、積極以及消極情緒行為模塊對于基因在空間分布上的差異,而 PIMID主要定位于猴腦解剖腦的第 6 層,以上成果為抑郁癥的靶向干預提供潛在新靶點(diǎn)。



          【1】Schwann cells regulate tumor cells and cancer-associated fibroblasts in the pancreatic ductal adenocarcinoma microenvironment

          發(fā)表時(shí)間:202307;發(fā)表期刊:Nature Communications;影響因子:16.6;物種:人;組織:胰腺組織

          【2】Targeting neoadjuvant chemotherapy-induced metabolic reprogramming in pancreatic cancer promotes anti-tumor immunity and chemo-response

          發(fā)表時(shí)間:202310;發(fā)表期刊:Cell Reports Medicine;影響因子:14.3;物種:人;組織:胰腺組織

          【3】Single-cell and spatial dissection of precancerous lesions underlying the initiation process of oral squamous cell carcinoma

          發(fā)表時(shí)間:202303;發(fā)表期刊:Cell Discovery;影響因子:33.5;物種:人;組織:口腔組織

          【4】Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors

          發(fā)表時(shí)間:202307;發(fā)表期刊:Nature Neuroscience;影響因子:25;物種:獼猴;組織:腦組織

          【5】High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue (單細胞、空轉和原位分析(Xenium)聯(lián)合解析乳腺癌石蠟切片腫瘤微環(huán)境)

          發(fā)表時(shí)間:20231219;發(fā)表期刊:Nature Communications;物種:人;組織:乳腺癌組織

          【6】Decoding spatial organization maps and context-specific landscapes of breast cancer and its microenvironment via high-resolution spatial transcriptomic analysis (高分辨率空間轉錄組學(xué)分析(Xenium)解碼乳腺癌和從屬微環(huán)境的空間組織解構及其成因)

          發(fā)表時(shí)間:20231030;發(fā)表期刊:bioRxiv;物種:人;組織:乳腺癌組織

          【7】Single cell-resolution in situ sequencing elucidates spatial dynamics of multiple sclerosis lesion and disease evolution (單細胞尺度級別的原位測序(Xenium)揭示了多發(fā)性硬化癥病變和疾病演變的空間動(dòng)態(tài))

          發(fā)表時(shí)間:20230630;發(fā)表期刊:bioRxiv;物種:小鼠;組織:頸脊髓

          【8】Mapping ovarian cancer spatial organization uncovers immune evasion drivers at the genetic, cellular, and tissue level (原位空間組學(xué)揭示了卵巢癌的免疫逃逸在基因-細胞-組織水平上的驅動(dòng)機制)

          發(fā)表時(shí)間:20231019;發(fā)表期刊:bioRxiv;物種:人;組織:卵巢癌組織

          1. <nobr id="5kd4l"></nobr>

            <dl id="5kd4l"><sup id="5kd4l"></sup></dl>
            <option id="5kd4l"><sup id="5kd4l"></sup></option>
            <div id="5kd4l"></div>
          2. <nobr id="5kd4l"></nobr>

                <div id="5kd4l"><em id="5kd4l"></em></div>
              1. <nobr id="5kd4l"><td id="5kd4l"></td></nobr>
                <nobr id="5kd4l"></nobr>
                <tr id="5kd4l"></tr>