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Transcriptome Sequencing
轉錄組測序（RNA-Seq）的研究對象是特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來(lái)的所有mRNA的總和。新一代高通量測序技術(shù)能夠全面快速的獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本序列信息，從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學(xué)重要問(wèn)題。
A workflow for RNA-seq
Ruairi J, Genomics Research, 2018
1. 十三年轉錄組測序分析經(jīng)驗，自主研發(fā)了多個(gè)生物學(xué)領(lǐng)域內認可的算法，如差異可變剪接算法ASD、CASH等，檢出率和準確度超過(guò)同類(lèi)軟件；
2. 不依賴(lài)已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數據，制定多套流程；
3. 烈冰自主搭建轉錄組分析云平臺，一鍵實(shí)現數據分析，包括基礎分析和高級數據分析
4. 整合了眾多學(xué)術(shù)界公認的轉錄組相關(guān)數據庫，從本質(zhì)上提高后期分析的廣度和精度，助力SCI文獻300+，助力研究團隊在Nature發(fā)表全球首例自閉癥猴模型
（圖片來(lái)源：Liu Z, et al. Nature., 2016）
組織樣品：
1. 動(dòng)物組織≥1g；
2. 植物組織≥2g；
3. 細胞樣品≥1×106個(gè)；
4. 全血≥2mL；
5. 菌體≥106個(gè)或≥30mg。
RNA樣品：
1. 樣品需求量： RNA≥10 μg；
2. 樣品濃度：RNA樣品≥100 ng/μl；
3. 樣品純度：OD260/OD280在1.8-2.2之間，OD260/OD230≥2，28S/18S≥1，動(dòng)物樣品RIN≥7.0，植物樣品RIN≥6.5，RNA無(wú)明顯降解。
1. 客戶(hù)樣本：保證細胞量在106個(gè)以上，否則則需風(fēng)險建庫；
2. RNA提?。航?jīng)典試劑盒快速提取法；
3. RNA質(zhì)控：凝膠電泳質(zhì)控→Nanodrop質(zhì)控→Agilent2200質(zhì)控；
4. 文庫構建：polyA建庫；
5. 上機測序：烈冰建議選擇NovaSeq測序平臺，雙端測序，通量大，堿基精度高，且成本低，速度快。推薦數據量：6Gb。
堿基質(zhì)量結果圖
注：左圖橫坐標代表堿基位點(diǎn)，縱坐標代表堿基質(zhì)量值，不同顏色曲線(xiàn)代表不同堿基在每條read上的質(zhì)量值；右圖橫坐標代表堿基位點(diǎn)，縱坐標代表堿基含量比值，不同顏色曲線(xiàn)代表不同位點(diǎn)各堿基含量。
reads在基因結構和染色體上的分布情況
Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015
注：左圖為reads在不同基因結構（如外顯子、內含子、基因間區、5’-UTR和3’-UTR）上的分布情況；右圖為reads在染色體上的分布情況，橫坐標表示染色體編號，縱坐標表示百分比，灰色柱子表示每條染色體上堿基數占基因組的比例，綠色柱子表示比對到染色體上reads的堿基數占基因組的比例。
基因表達量分析
注：左圖為不同樣本RPKM密度圖，橫坐標表示log10(RPKM)，縱坐標表示每個(gè)log10(RPKM)值對應的基因數占比；右圖為不同樣本基因表達箱線(xiàn)圖，橫坐標表示不同樣本名稱(chēng)，縱坐標表示樣本中每個(gè)基因log10(RPKM)分布情況。
差異基因的火山圖和聚類(lèi)圖
liu et al., Nature, 2016
注：左圖為差異基因的火山圖，紅色表示顯著(zhù)差異基因，藍色表示非顯著(zhù)差異基因；右圖為基因表達聚類(lèi)圖，橫坐標為樣品分組，縱坐標為基因，紅色表示高表達，綠色表示低表達。
基因功能分析
He et al., Cancer Sci, 2017
注：該圖從生物學(xué)進(jìn)程（Biological Process, BP）、分子功能（Molecular Function, MF）和細胞組分（Cellular Component, CC）3個(gè)層面展示了差異基因顯著(zhù)富集的前15個(gè)功能條目。橫坐標為-Log2(P-value)/-Log10(P-value)，縱坐標為Go-Term條目名稱(chēng)。
Pathway富集性分析
He et al., Cancer Sci, 2017
注：該圖展示了差異基因富集的25條Pathway條目。橫坐標為Pathway條目名稱(chēng)，縱坐標為富集度（Enrichment）,紅色表示顯著(zhù)性條目，藍色表示非顯著(zhù)性條目。
GO Tree Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015
注：該圖展示了差異基因顯著(zhù)富集的GO Terms內在從屬關(guān)系。紅色代表上調基因顯著(zhù)富集的功能條目；綠色代表下調基因顯著(zhù)富集的功能條目，黃色代表上調和下調基因都顯著(zhù)富集的功能條目。
Path-Act-Network Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015
注：該圖展示了差異基因顯著(zhù)富集pathway之間的上下游調控關(guān)系。紅色表示上調基因顯著(zhù)富集的pathway；綠色表示下調基因顯著(zhù)富集的pathway。
共表達網(wǎng)絡(luò )
Miao X et al., Scientific reports, 2016
注：相同顏色的圓點(diǎn)表示具有相似共表達能力的基因，圓點(diǎn)的大小表示該基因的K-core程度。
基因互作網(wǎng)絡(luò )
Sun L et al，Sci Rep. 2016
注：紅色圓點(diǎn)表示上調mRNAs，綠色圓點(diǎn)表示下調mRNAs。
維恩分析
Chen et al., BMC Genomics, 2014
注：該圖表示上調基因（左）和下調基因（下）的韋恩分析圖，數字分別代表處于不同交集內的基因個(gè)數。
趨勢分析
Chen et al., BMC Genomics, 2014
注：研究者基于趨勢分析的眾多結果，歸納、整合，最終鎖定了幾類(lèi)變化趨勢類(lèi)型，進(jìn)而更有針對性的開(kāi)展后續工作。該研究中最終歸納出了6種顯著(zhù)性趨勢，研究者選擇了基因個(gè)數最多的兩種趨勢，對這些基因進(jìn)行GO等深入分析。
WGCNA分析 Wan et al., Exp Eye Res. 2018
注：左圖表示基因聚類(lèi)和模塊鑒定的對應關(guān)系，高度共表達的基因群在聚類(lèi)中處于相似分枝中；右圖表示模塊和表型相關(guān)性熱圖結果，方框內上面的數字是模塊ME和表型數據相關(guān)性，下面括號內的數字為相關(guān)性的P值。
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[2] Gefitinib for Epidermal Growth Factor Receptor Activated Osteoarthritis Subpopulation Treatment. EBioMedicine. 2018 Jun ；IF=6.183
[3] The GARP Complex Is Involved in Intracellular Cholesterol Transport via Targeting NPC2 to Lysosomes. Cell Rep. 2017 Jun; IF=8.032
[4] Autism-like behaviours and germline transmission in transgenic monkeys overexpressing MeCP2. Nature. 2016 Feb; IF=41.577
[5] Hu, Y. et al. Interactions of OsMADS1 with floral homeotic genes in rice flower development. Mol. Plant 2015 Sep; IF=8.827
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