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Whole Transcriptome Sequencing
全轉錄組是指特定細胞在特定狀態(tài)下所能轉錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA（non-coding RNA）。針對非編碼RNA的研究主要集中在具有調控作用的miRNA，lncRNA和circRNA?；诙鷾y序技術(shù)的全轉錄組測序研究，同時(shí)分析同一樣本中的mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA，并且通過(guò)兩兩關(guān)聯(lián)分析、三元關(guān)聯(lián)分析、多元關(guān)聯(lián)分析，使研究?jì)热莞酉到y化，致力于深入挖掘生命現象背后的轉錄調控問(wèn)題。
ceRNA（競爭性?xún)仍碦NA）機制示意圖
Wang Y et al., Trends Genet, 2016
1. 雙文庫構建：small RNA文庫和去核糖體的鏈特異性文庫，烈冰 8年建庫經(jīng)驗，保證建庫質(zhì)量；
2. 4種RNA全方位分析：不僅能定量分析已知的lncRNA和miRNA，還能通過(guò)Stringtie重建轉錄本預測新的lncRNA；并通過(guò)預測的circRNA進(jìn)行靶向分析 ，從而得到miRNA-mRNA、lncRNA-miRNA、以及circRNA-miRNA的靶向關(guān)系；
3. 數據庫全面整合：整合并定時(shí)升級生物學(xué)領(lǐng)域內公認數據庫和靶基因預測算法，如NP Inter、miRBase、RNAhybrid等，保證分析結果緊跟行業(yè)前沿；
4. 上游測序+下游驗證：客戶(hù)只需提供細胞，組織或者總RNA，烈冰為您完成從上機測序到數據分析整套服務(wù)流程，同時(shí)可進(jìn)行后續qPCR驗證。
組織樣品：
1. 動(dòng)物組織≥1g；
2. 植物組織≥2g；
3. 細胞樣品≥1×106個(gè)；
4. 全血≥5mL；
5. 菌體≥106個(gè)或≥30mg。
RNA樣品：
1. 樣品需求量： RNA≥10 μg；
2. 樣品濃度：RNA樣品≥100 ng/μl；
3. 樣品純度：OD260/OD280在1.8-2.2之間，OD260/OD230≥2，28S/18S≥1，動(dòng)物樣品RIN≥7.0，植物樣品RIN≥6.5，RNA無(wú)明顯降解。
1. 客戶(hù)樣本：細胞量在106以上；
2. 總RNA提取及質(zhì)控：凝膠電泳質(zhì)控→Nanodrop質(zhì)控→Agilent 2200質(zhì)控；
3. small RNA文庫構建：切膠范圍10-50bp，單端測序SE50，文庫分子18-30bp；
4. 去核糖體文庫構建：逆轉錄后用RNase處理，去除rRNA；
5. 上機測序：烈冰建議選擇NovaSeq，雙端測序，通量大，堿基精度高，而且成本低，速度快。
差異lncRNAs火山圖分析和聚類(lèi)分析
Yang F et al., Gene, 2016
注：(A)差異lncRNA火山圖分析結果，紅色表示顯著(zhù)差異的lncRNA，藍色表示非顯著(zhù)差異的lncRNA；(B)差異lncRNA聚類(lèi)分析的Heat map，紅色越深表示lncRNA上調越顯著(zhù)，藍色越深表示lncRNA下調越顯著(zhù)。
lncRNA-miRNA靶向作用關(guān)系
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：紅色三角表示上調lncRNAs，綠色三角表示下調lncRNAs，紫色V型三角表示上調miRNAs，藍色V型三角表示下調miRNAs。
lncRNA-miRNA-mRNA Network
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：紫色三角形表示lncRNA，紅色圓點(diǎn)表示mRNA，黃色圓點(diǎn)表示關(guān)鍵mRNA，藍色V型三角表示miRNA。
差異基因GO分析和Pathway分析
Xu T et al., Oncogene. 2015
注：（a）lncRNA TINCR-siRNA VS scrambled siRNA差異基因聚類(lèi)分析圖；（b）差異基因顯著(zhù)富集的pathway條目；（c）差異基因顯著(zhù)富集的GO條目。
circRNA預測工作流和預測結果（正常組織 VS 癌組織）
Chen W et al., Nat Neurosci. 2015/Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：(a)橫坐標表示circRNA反向剪接reads數，縱坐標表示circRNA數量；(b)circRNA在基因組結構上的分布；(c)橫坐標表示exonic circRNA長(cháng)度，縱坐標表示circRNA數量。
差異circRNA分析結果
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：左圖為差異circRNA的聚類(lèi)分析圖(OA VS normal軟骨組織)；右圖為差異circRNA的火山圖，紅點(diǎn)表示差異顯著(zhù)的circRNA。
circRNA-miRNA相互作用
Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：該圖展示了circHIPK3相互作用的miRNAs的假定結合位點(diǎn)。
circRNA-miRNA-mRNA Network
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：綠色圓點(diǎn)表示circRNA，黃色菱形表示mRNA，紫色V型三角表示miRNA。
circRNA和蛋白編碼基因的WGCNA分析
Wang Z et al. Frontiers in plant science, 2017
注：該圖為WGCNA計算出來(lái)的不同module，與不同表型相關(guān)性高的module，并對moudle16以及兩個(gè)circRNA的關(guān)系網(wǎng)絡(luò )圖分別進(jìn)行了可視化展示。
E50 VS E40和E60 VS E50差異mRNA/lncRNA韋恩圖
Li Y et al., BioMed Research International. 2019
注：左圖為E50 VS E40差異mRNA和E60 VS E50差異mRNA的韋恩分析結果；右圖為E50 VS E40差異lncRNA和E60 VS E50差異lncRNA的韋恩分析結果。
干預LncRNA GAS5的基因富集分析
Liu et al., Nat Commun, 2016
注：該圖為LncRNA GAS5過(guò)表達和敲低后，hESCs的基因富集分析結果。其中，ES表示富集度得分，NES表示ES標化后的值，得分越高表示該基因類(lèi)別與該干預呈正相關(guān)。
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