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        1. 服務(wù)熱線(xiàn)02152235399

          產(chǎn)品簡(jiǎn)介

          單細胞免疫組庫測序一次實(shí)驗可以同時(shí)檢測近萬(wàn)個(gè)細胞,可在一個(gè)樣本中同時(shí)獲5'mRNA表達譜、TCRBCR的信息,結合基因的表達譜和VDJ數據進(jìn)行復雜組織樣本的影響免疫應答分析,監測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生和發(fā)展的分子機制。


          圖片來(lái)源:Wang Y, et al., Journal of Infection, 2023)

          我們的優(yōu)勢

          1. 1000+ TCR/BCR項目經(jīng)驗,一次實(shí)驗可同時(shí)獲取1000-10000個(gè)細胞的文庫構建,獲得轉錄組和免疫組數據。

          2. 具備完善的免疫組庫測序和實(shí)驗質(zhì)控流程,獲取VDJ全長(cháng)序列的配對信息。

          3. 豐富的免疫組庫測序和數據分析經(jīng)驗,實(shí)現專(zhuān)屬個(gè)性化數據分析服務(wù),搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動(dòng)態(tài)結果報告。

          4、免疫組庫測序經(jīng)驗豐富,助力發(fā)表高分SCI文獻:


          樣本要求

          樣本類(lèi)型:

          組織、血液、培養的細胞系、制備好的單細胞懸液

          注:若客戶(hù)樣本為組織,且無(wú)能力進(jìn)行組織解離來(lái)獲取單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗上的幫助,但因不同類(lèi)型樣本的特異性,無(wú)法保證實(shí)驗方法適用于所有類(lèi)型組織。


          質(zhì)量要求:

          1. 細胞活性大于70%;

          2. 濃度為500-2000細胞/μl;

          3. 體積不小于200μl;

          4. 細胞培養基及緩沖液不能含Ca2+Mg2+;

          5. 細胞體積小于40μm。

          實(shí)驗流程

          數據分析流程

          結果示例

          1、CellRangerV(D)J
          由于實(shí)驗過(guò)程中通過(guò)富集V(D)J區域并打斷測序,所以需要對測序獲得的序列進(jìn)行拼接,獲得從V基因起始到J基因末尾的完整序列,以此分析每個(gè)T細胞TCR可變區的組合情況,CDR3序列以及樣本內部clonotype的組成情況。

          2、免疫組庫序列組成分析
          根據每個(gè)樣本的分析結果,對免疫組庫序列的組成信息進(jìn)行統計描述,包括V(D)J基因的使用頻率、組合頻率、CDR3序列長(cháng)度分布,以及細胞的clonotype數量、size大小和增殖情況等。

          VDJ基因的使用頻率:上圖主要展示了TCR序列中V基因的使用情況

          3、免疫組庫序列組成分析

          注:橫坐標為V基因,縱坐標為J基因

          V-J基因組合頻率:下圖主要展示了TCR序列中V-J基因組合情況。

          4、免疫組庫序列組成分析

          注:橫坐標為CDR3長(cháng)度分布,縱坐標為細胞占比

          CDR3序列長(cháng)度:上圖主要展示了CDR3序列的長(cháng)度分布,以及使用頻率最高的12個(gè)TRAV基因對應的CDR3長(cháng)度信息。

          5、免疫組庫序列組成分析

          注:橫坐標為clonotype編號,縱坐標為細胞占比

           克隆頻率統計:該圖主要展示了TOP50 clonotype對應的細胞占比。


          6、免疫組庫序列組成分析

          注:Unique或數字: 每個(gè)clonotype對應的細胞數(size)


           克隆增殖統計:下圖主要展示了不同size對應的clonotype的占比情況

          7、細胞間Clonotype分析
          結合對應的單細胞轉錄組數據,通過(guò)不同cluster/cell type間,clonotype是否存在overlap,來(lái)判斷這兩個(gè)cluster/cell type間是否會(huì )存在狀態(tài)的演變。

          注:右圖中,XY軸均為cluster編號,括號內為該cluster中檢測到TCR序列的細胞數

          8、樣本間Clonotype分析
          對不同樣本TCR/BCR的結果比較分析,獲得overlap的clonotype信息。例如從同一生物個(gè)體采集到的不同樣本,同一實(shí)驗分組的不同樣本等,來(lái)獲取T細胞在組織間潛在的延續性和相同處理下產(chǎn)生的一致性應答。

          注:橫向縱向均為樣本名稱(chēng),括號內為該樣本中檢測到的clonotype數,色塊內為overlap的clonotype數。

          9、Clonotype分布分析
          結合5’端單細胞轉錄組結果進(jìn)行聯(lián)合分析,可以根據克隆型信息沖減細胞亞群,進(jìn)而定義亞群功能。

          文獻示例


          [1] MHC class Ib–restricted CD8+ T cells possess strong tumoricidal activities. PNAS.2023 Aug; IF=11.1


          [2] Prmt5 deficiency inhibits CD4+ T-cell Klf2/S1pr1 expression and ameliorates EAE disease. Journal of Neuroinflammation. 2023Aug; IF=9.3


          [3] Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas. Journal of Infection. 2023Mar; IF=28.2


          [4] Tumor-intrinsic YTHDF1 drives immune evasion and resistance to immune checkpoint inhibitors via promoting MHC-I degradation. Nature Communications. 2023 Jan; IF=16.6


          [5] Single-Cell Landscape Highlights Heterogenous Microenvironment, Novel Immune Reaction Patterns, Potential Biomarkers and Unique Therapeutic Strategies of Cervical Squamous Carcinoma, Human Papillomavirus_x005f Associated (HPVA) and Non-HPVA Adenocarcinoma. Adv Sci. 2023 Jan; IF=15.1


          [6] Influenza vaccination features revealed by a single-cell transcriptome atlas. Journal of Medical Virology. 2022 Sep; IF=12.1






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